No- Clipping does not work
Yes- Ship is clipped correctly

Numbers indicate image number to look at.

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Terran Ships
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No : Ulysses
No : Hercules
No : Hercules II
Yes : Ares
No : Eryines
No : Loki
No : Pegasus
No : Perseus
No : Myrmidon
No : Terran Mara
Yes : Artemis
No : Artemis DH
No : Medusa
No : Ursa
No : Zeus
Yes : Boanerges
Yes : Amazon
Yes : Amazon Advanced
No : Hygeia
Yes : Triton
No : Poseidon
No : Fenris
Yes : Hippocrates
No : Leviathan
No : Faustus
No : Zephryus
No : Charybdis
1 No : Orion
2 No : Hecate
No : Hades
No : Arcadia (Warping Arcadia is funny stuff)
3 No : Colossus
No : Deimos
Yes : Aeoleus
4 No: Iceni
5 No : Boadicea
No : Elysium
Yes : Argo
No : Pharos
6 No : Ganymede
No : Knossos
No : Hermes

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Vasudan Ships (They wuv fishies)
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No : Seth
No : Horus
No : Thoth
Yes : Seraphis
Yes : Tauret
No : Sekhmet
No : Osiris
Yes : Bakha
No : Ptah
No : Nephthys
No : Isis
No : Ma'at
Yes : Bes
No : Satis
7 No : Anuket
No : Aten
8 No : Mentu
8 No : Sobek
No : Typhon
No : Ra
9 No : Seketh
No : Hatshepsut

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Shivan Ships
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Yes : Dragon
No : Basilisk
No : Manticore
No : Aeshma
No : Mara
No : Astaroth
Yes : Nephilim
No : Taurvi
No : Nahema
No : Seraphim
No : Azrael
10 No : Dis
No : Mephisto
No : Asmodeus
No : Lilith
No : Rakshasa
No : Cain
No : Demon
11 No : Ravana
No : Lucifer
13 Yes : Moloch
12 No : Sathanas
Yes : Space Hunk (Lol, debris that runs away)
14 No : Comm Node

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This listing would not be complete without....
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Yes : Volition Bravos